2.1.2 城市防台防洪分指挥部
城市防台防洪分指挥部由市人民政府分管城市建设工作的市政府副秘书长担任，市市政园林局局长任常务副指挥，鹿城区、龙湾区、瓯海区分管城市建设工作的副区长任副指挥，市市政园林局、市建设局、市教育局、市房管局、市城市管理行政执法局、市公安局、温州电业局、市水利局、市城市河道建设管理办公室分管领导为成员。分指挥部下设办公室，市市政园林局分管领导任办公室主任。
2.1.3 水上防台分指挥部
水上防台分指挥部由市人民政府分管交通工作的副秘书长任指挥，温州海事局局长任副指挥，温州海事局、市港航管理局、市海洋与渔业局、市公安局水上分局、海警支队、温州航标处、东海救助局温州基地、温州港务集团、华电集团拖轮公司、温州海运集团分管领导为成员。分指挥部下设办公室，温州海事局分管领导任办公室主任。
2.1.4 县（市、区）防汛指挥部
县（市、区）防汛指挥部由本级政府和有关部门、当地驻军、人民武装部负责人等组成。
2.2 工作职责
2.2.1 市防汛指挥部职责
负责领导、组织全市的防汛抗旱工作，拟订全市防汛抗旱政策性文件、规章制度，以及跨县（市、区）行政区划的调水方案，及时掌握全市汛情、旱情、灾情并组织实施抗洪抢险及抗旱减灾措施，统一调控和调度全市水利、水电设施的水量，做好洪水管理工作，组织灾后处置，并做好有关协调工作。
2.2.2 城市防台防洪分指挥部职责
城市防台防洪分指挥部负责城市防台防洪相关事宜，落实市防汛指挥部防汛工作的部署及下达的任务，制定修编分指挥部防台防洪预案，组织协调分指挥部成员单位开展防汛抗台工作。
2.2.3 水上防台分指挥部职责
水上防台分指挥部负责处理水上船只、人员防台抢险救灾工作，落实市防汛指挥部防汛工作的部署及下达的任务，制定修编分指挥部防台防洪预案，组织协调分指挥部成员单位开展防汛抗台工作。
2.2.4 成员单位职责
市气象局：负责暴雨、热带气旋等灾害性天气的监测、预报和预警；及时提供短期气候预测、中短期天气预报和有关实时气象信息，提供防汛防旱有关气象资料；根据旱情的发展，组织实施人工增雨作业。
温州海洋预报台：负责温州沿海海洋水文要素的监测工作；及时提供热带气旋、风暴潮以及沿海大浪的预警、预报信息。
市国土资源局：承担温州市地质灾害防治指挥部日常工作；负责全市滑坡、山体崩塌、地面塌陷和泥石流等地质灾害防治的组织、协调、指导和监督；组织开展地质灾害调查，建立和完善预防预警体系，及时向市防指提供山地灾害易发地区分布情况。
市水利局：承担市防指的日常工作，负责组织、协调、监督、指导全市防汛防旱的日常工作；负责水工程安全的监督管理，负责重要江河和水工程的防洪抗旱调度，及时提供雨情、水情、旱情、灾情和水文预报；负责水资源的调配，组织指导抗洪抢险工作和水毁防洪工程的修复。
温州军分区、海军91765部队、武警部队、预备役团：执行抗洪抢险任务。军分区同时负责组织市预备役部队和民兵参加抢险救灾；申请支援救灾部队；协调驻温部队参加当地抗洪抢险；在重大汛情时向市防汛指挥部派驻联络员。